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El abad Hilduin y el redescubrimiento de la reliquia
En el 989, el rey Hugo Capeto confirma la elección como abad de Hilduin. ¡Si no fuera por los problemas con el duque de Aquitania Guillaume el Grande, inconsolable de la perdida de la reliquia, la vida de los monjes sería muy tranquila! Por eso no es una sorpresa ver la reliquia aparecer de nuevo en octubre de 1010 durante el viaje del duque a Roma. La relíquia estaba escondida en las ruinas de una pared… Pero las dudas persisten porque Adhemar de Chabannes precisa en sus Crónicas « Unos dicen que era la relíquia del Precursor ».
Se organizan grandes fiestas están organizadas a las que son invitados los grandes de la época. El rey Roberto el Piadoso ofrece en esta ocasión una concha de oro para conservar la cabeza. Ocurren milagros…. El abad Theodolin de Maillezay se queda ciego después de haber robado y escondido en su boca un diente del santo. Recupera la vista después de arrenpetirse en público.
El monasterio y la iglesia eran demasiado pequeños. El duque de Aquirtania ordena la construcción de una nueva abadía y encarga a Odilon de Cluny de organizar de nuevo la comunidad monástica. En 1050, la condesa Agnes de Borgoña, viuda del duque de Aquitania y casada con Geoffroy Martel conde de Anjou, asiste a la consagración de la iglesia y confirma las donaciones anteriores.
El peregrinaje a Santiago de Compostela
El valor de la reliquia de San Juan Bautista realzado por los benedictinos de Cluny es tan importante que impulsa las peregrinaciones. Los peregrinos tienen que pasar por Saint-Jean d’Angély a adorar o implorar la reliquia del Bautista. Los peregrinos enriquecen la abadía. La ciudad conoce un desarrollo rápido. Hacia 1100, la abadía San Juan Bautista pasa a ser el centro de una red de monasterios y prioratos: la filial más poderosa de Cluny.